Queste continue incursioni animarono il califfo a fortificare la medina di Almariya , propiziando la fondazione della cittá di Almeria e l'inizio della decadenza di Pechina.

Seguí l' alternanza di anni di splendore con anni di crisi.

Regni di Taifa : Jairán, governatore di Almanzor (1010-1091); Zuhayr Almotacín (1037-1091); L impero Almoravide (1091-1147) . Alfonso 6 e Alfonso 7 (1147-1157) con la prima conquista cristiana ; (1157-1238) la Riconquista almhoade. Di tutti questi periodi possiamo solamente citare un avvenimento importante avvenuto nel territorio di Nijar : lo sbarco dei Genovesi nel 1147 presso la spiaggia che oggi si chiama "Los Genoveses", quando Alfonso 7 , al comando di una flotta confederata di cristiani , si decise a porre fine alla pirateria incontrollata realizzata dalla Repubblica di Pechina nel Mare di Alborán. Anche Nijar venne sottomesso nel 1169 , con il passaggio di Almeria nelle mani di Ibn Mardains," il re lupo", alleato con Alfonso 7. Nel 1225 Ibn Hud di Murcia insorge contro gli almhoadi di Almeria, con una nuova probabile distruzione della fortezza, e nel 1228 conquista Nijar .

Da qui al 1488 si instaura il regno Nazarí di Granada , durante il quale si costruiscono i castelli di Huebro , Inox e Tartal , le torri di vigilanza della costa ed il forte di Rodalquilar. Di quest'epoca si riportano notizie di Al-Hawan, Agua Amarga, come un insediamento umano stabile (1348), e del molo di Chávala (San Pedro).

Di Nijar non sappiamo nulla fino all'estate del 1488 quando le truppe dei Re Cattolici lo conquistano assieme a Turrilla e Lucainena. Si ritiene risalga a questo momento la adozione di San Sebastiano come patrono di Nijar al quale si dedicó un eremo , oggi scomparso, che si ergeva all'inizio della salita dell'attuale via"de la caretera".

Nel 1489 cadde Almeria en el 1492 Granada , ponendo fine a otto secoli di dominazione araba. Nel 16 secolo comincia il periodo dei Mori.