Nijar conobbe un difficile periodo di convivenza (1502-1568) : i "vecchi cristiani" appresero dai Mori le tecniche agricole e di gestione ed uso dell'acqua, la coltivazione di more e di gelso bianco per la produzione artigianale della seta. Inoltre appresero tecniche di carpinteria, la lavorazione dell'esparto e della terracotta, la pastorizia di capre, pecore e mucche dalla montagna alle pianure della costa.

Comincia la costruzione della Chiesa , con tre navate , sfruttando l'imponenza della torre dell' antica meschita : entrata ad arco a punta e coro posteriore, pareti calcinate e soffitto a cassettoni di rara bellezza e magnificamente conservato

La chiesa di Huebro aveva caratteristiche simili. Lucainena, Turrillas, Nijar , Inox , Tarbal e La Matanza furono i principali centri abitati fino all'insurrezione dei mori del 1568. Durante la rivolta di Natale del 1568 , le famiglie more di tutto il territorio di Nijar si rifugiarono nel Castello di Inox, in attesa di salpare verso l' Africa. I cristiani, informati dell'accaduto , intervennero con un esercito di mercenari e saccheggiatori giunti da tutta la penisola e conquistarono la roccaforte catturando più di 3000 persone tra donne e bambini. Fu il celebre "negocio de Inox"conclusosi vicino a La Matanza, quello che oggi ricordiamo come il paese della strage.

Dopo questa guerra la popolazione di Almeria si ridusse a 7.000 abitanti. A Nijar,nel 1571, la popolazione mora viveva dispersa tra i monti; tranne Villa de Nijar , tutti i paesi tra Almeria e Mojacar (1574) furono abbandonati. Successivamente giunsero a poco a poco nuovi colonizzatori da Cazorla , da Cartagena, dalla Castiglia , da Aragona e da Estremadura ; un totale di 170 persone di cui 45 erano soldati. La ripopolazione peró non ebbe successo e ci vollero piú di cent'anni alla zona per recuperare la popolazione dell'epoca saracena.

Comincia il 17 secolo, il secolo oscuro di Nijar.