El Califato Omeya
En 912, subió al trono el emir Abderramán III, al Nar "El Protector", que se proclamará Califa en el 929 y reinará hasta el 961. Decidido a terminar con la inestabilidad de Al-Andalus, inagura una etapa de esplendor que durará ca un glo.

De su reinado interesa resaltar que en el 915, la República de Pechina se somete totalmente al poder central del nuevo Califa, aceptando a un cadí cordobés como gobernador de la cora. Se consolida el sistema de torres y alcazabas (fundación árabe de Níjar) para hacer frente a la amenaza de los fatimíes, quienes, tras largos años de hostilidades, atacaron Almería en el 955. Estas incursiones hostiles animaron al califa a fortificar la Medina de Almariya, propiciando la fundación de Almería capital y el comienzo de la decadencia de Pechina.

Siguieron años alternativos de crisis y esplendor, reinos de Taifas (1010-1091) con Jayrán, gobernador de Almanzor, Zuhayr Almotacín (1037-1091), los almorávides (1091-1147), Alfonso VI y VII, con la primera conquista cristiana (1147-1157) y la reconquista almohade (1157-1238). De todo ello apenas podemos citar como episodios genuinamente nijareños el desembarco de los genoveses en 1147, en la playa que hoy lleva su nombre, cuando Alfonso VII, al mando de una flota confederada cristiana, se decidió a terminar con el pirateo incontrolado que realizaba la república de Pechina en el mar del Alborán.

También debió sucumbir Níjar en 1169, al caer Almería en manos de Ibn Mardanis "el rey lobo", aliado de Alfonso VII. En 1225 Ibn Hud de Murcia se alza contra los almohades de Almería y en 1228 conquista Níjar, con otra poble destrucción de la fortaleza.

Desde entonces hasta 1488, se instala el reino Nazarí de Granada, durante el cual se fundan los castillos de Huebro, Inox y Tartal, las torres vigía de la costa y el fuerte de Rodalquilar. De esta época tenemos noticias sobre Al-Hawan, Agua Amarga, como asentamiento humano estable (1348), y del fondeadero de Chávala (San Pedro).

No volvemos a saber de Níjar hasta cuando capitula su taha, que incluía también Turrillas y Lucainena, en el verano de 1488 ante las tropas de los Reyes Católicos. Debe datar de este momento la adopción de San Sebastián como patrón de Níjar y a él se consagró una ermita hoy desaparecida, que se alzaba al inicio de la cuesta de la actual calle de la Carrera. Cayó Almería en 1489 y Granada en 1492, finalizando ocho glos de cultura árabe. Con el s. XVI se inicia el período Morisco.