Se comienza a construir la iglesia, con tres naves, aprovechando la dimenón de la torre fortaleza de la antigua mezquita: cabecera con arco apuntado y coro trasero, muros encalados y techo artesonado de magnifica conservación y belleza.

La iglesia de Huebro era de parecidas características. Lucainena, Turrillas, Níjar, Inox, Tarbal y la Matanza fueron los principales núcleos habitados hasta la sublevación morisca de 1568 y la expulón definitiva en 1570.

Durante las revueltas de Navidad de 1568, las familias moriscas de toda la comarca de Níjar se refugiaron en el castillo del Peñón de Inox, a la espera de embarcar hacia Africa. Informados los cristianos, llegaron con ejércitos de mercenarios saqueadores venidos de toda la península, tomaron el cerro y obtuvieron 3.000 esclavos entre mujeres y niños.

Fue el célebre "negocio de Inox" concluido junto al que hoy se recuerda como "el poblado de la Matanza".

Después de esta guerra la población de Almería quedó reducida a 7.000 habitantes. En 1571, Níjar contaba con una población morisca dispersa, oculta en las erras. Salvo la villa, todos los pueblos estaban abandonados desde Almería a Mojácar (1574). Llegaron escalonadamente repobladores desde Cazorla, levantinos, castellanos, aragoneses y extremeños, en total 170 personas (cuarenta y cinco eran soldados). La repoblación fracasó y tuvieron que pasar más de cien años para que la comarca recobrara la población de la etapa morisca.

Comenzaba el s. XVII, el glo oscuro de Níjar.