La végétation méditerranéenne thermique représente ici une des unités floristique très particulière de la Péninsule avec de nombreuses curiosités, comme le Palmier nain ou doum (Chamaerops humilis) ,  l'unique palmier natif d'Europe, le lentisque et le jujubier (Ziziphus lotus), prodigieuse adaptation au milieu.

Nous faisons une claire distinction entre 4 biotopes :

Zone aride 
Sable volcanique et falaises littorales, dunes, sablières et marais salants. Dans la zone dont les vagues ont grandes affluences, vivent des lichens spéciaux et des petites algues.
Sur les falaises à parois verticales nous trouvons quelques traces végétales dans les cavités et les crevasses.
C'est une végétation adaptée à supporter la salinité, comme le fenouil marin (Crithmum maritimum) et le lyciet (Lycium intricatum).
Sur les plages, où les vagues déposent des restes organiques, nous trouvons la roquette de mer (Cakile marítima).
Les dunes initiales du littoral abritent une végétation peu abondante et très pauvre en graminacées, dans laquelle dominent la diotis maritime (Otanthus Maritimus) et l'elymus factus.
Dans la bande intérieure suivante, celle des dunes mobiles, nous pouvons voir des graminacées comme le faux roseau (Ammophila arenaira arundinacea).
Plus éloignée encore du rivage, les dunes semifixées avec des espèces camefiques comme la bugrane gluante (Ononis natrix).
Dans les dunes fixées, nous trouvons des « tarayales » de Tamarix boveana et des espèces halophiles comme la Limonium delicatum, et dans les endroits plus humides, les sous-arbrisseaux vivaces comme la salicorne à gros épis qu 'on peut trouver sur des sols riches en sels et en eau.

Le pacage

Aussi appelé « barronal » et fourré bas, entre lesquels se distingue le jujubier (azufaifo), micro-monde sous lequel se cachent de nombreuses espèces végétales et animales se retrouvent ici proches à la mer.
Finalement, dans la zone supérieure des falaises et sur les versants volcaniques, nous avons le bourreau des arbres (Periploca laevigata),
les étendues de genêts et quelques lentisques, témoins d'une époque plus abondante.

Bosquets de palmiers et de nerpruns alternent avec le thym, l'ephedra, la passerine, la bugrane, l'orobal, etc., complétant par son caractère nord-africain, un paysage unique en Europe.
C'est ici où se développent la majorité des espèces végétales édaphiques avec des spécimens uniques au monde (Teucrium charidemi, Antirrhinum charidemi) et où l'on trouve l'avifaune aquatique, la majorité centrée sur la réserve de Las Marinas - Amoladeras et l'ancienne lagune qui sont aujourd'hui les marais salant de Cabo de Gata.

Zone steppique
Le buisson et le bois bas épineux (les fossés-ramblas, La Serrata et les collines et précipices des versants des monts).
De vastes étendues de buissons de dégradation (végétation adaptée à la présence de l'homme) composés de touffes d'alfa et de thym, de genêts épineux, dominent les collines et ses versants de toute la commune.
En dépit de son indoutable intérêt botanique, c'est le plus fade paysage de la zone, allègré par quelques oasis de palmiers, figuiers de barbarie et agaves aux longues fleurs, à côté de vieux témoins isolés comme les oliveraies, les amanderaies et les figueraies.

Zone sèche de plaines maraîchères
L'arbre (El Colativí, Níjar et les plaines maraîchères du littoral. Fernán Perez, Las Hortichuelas, el Pozo de los Frailes).
Les petits coins boisés de Genoveses, San José, du ravin del Negro, Albaricoques, Agua Amarga). Proche au Colativí on peut trouver des restes d'anciennes forêts de chênes verts et des petits groupes arbres témoins d'une époque plus pluvieuse.

Du Colativí vers le sud, par les flancs de Sierra Alhamilla, à Inox, Huebro et La Villa, on peut trouver les meilleures conditions de terrains et d'humidité de la commune de Níjar.

L'eau des sources, l'ombre des rochers et le labourage ont favorisé l'apparition du plus grand « oasis vert » de la région, où l'on peut reconnaître des exemplaires d'ormes, de caroubiers, de châtaigniers, de noyers, d'eucalyptus, de pins, de grenadiers, d'oliviers, de figuiers de palmiers et bien sûr une grande variété d'arbre fruitier, parmi lesquels prime l'oranger.

Les plaines maraîchères et terrasses des hautes collines gardent le témoignage des vergers et des cultures boisées sur des terrains non irrigués, mélangés aux plantes autochtones.

Les figuiers de barbaries et les agaves sont souvent utilisés pour délimiter et maintenir des terrains et terrasses. Proche aux canaux d'irrigations et aux ravins humides se trouve le jonc, le roseau et sans fin de fleurs, plantes odorantes, arbustes et plantes grimpantes.

L'altitude et l'humidité, ainsi que la différence de température vers des degrés plus bas, sont propices à la baisse de variété d'animaux invertébrés, plus présente dans les zones de culures intensives et aussi à cause de la fumigation agricole.